1905年，于右任、邵力子等原震旦公學學生脫離震旦，擁戴馬相伯在吳淞創辦復旦公學。校名擷取自《尚書大傳?虞夏傳》“卿云爛兮，糾縵縵兮；日月光華，旦復旦兮”兩句中的“復旦”二字，本義是追求光明，寓含自主辦學、復興中華之意。馬相伯、嚴復等先后擔任校長。1913年李登輝開始擔任校長，一直到1936年。在他長達23年的校長任內，復旦發展成為一所以培養商科、經濟、新聞、教育、土木等應用型人才聞名的、有特色的私立大學，形成了從中學到研究院的完整的辦學體系。

1937年抗日戰爭爆發后，復旦部分師生在吳南軒校長帶領下，輾轉內遷重慶北碚（渝校）。1941年增設了農學院。經國民政府行政院批準，1942年元旦復旦由私立改為國立，全稱為國立復旦大學，吳南軒、章益先后出任校長。1946年夏，渝校遷回上海江灣原址，與滬校合并，學校的規模進一步擴大。